Peraturan Presiden RI Nomor 10 Tahun 2018 Tanggal 1 Maret 2018 tentang IAKN Tarutung menjadi awal pembentukan Fakultas dan Prodi di IAKN Tarutung dan ditindaklanjuti melalui PMA RI Nomor 16 tahun 2018 tanggal 26 Juli 2018 tentang ORTAKER IAKN Tarutung dan PMA RI Nomor 5 Tahun 2019 tentang Perubahan PMA Nomor 23 Tahun 2018 tentang Statuta IAKN Tarutung.

IAKN Tarutung mengelola 3 (tiga) fakultas, yaitu Fakultas Ilmu Pendidikan Kristen (FIPK), Fakultas Ilmu Teologi (FIT), dan Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora Kristen (FISHK). Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora Kristen mengelola 2 (dua) Program Studi yakni Program Studi S1 Sosiologi Agama (SA) dan Program Studi S1 Pariwisata Budaya dan Keagamaaan (PBK).